Sesuai dengan Peraturan Menteri Agama Nomor 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama, Kantor Kementerian Agama Kota Sabang terdiri dari :
Subbagian Tata Usaha melakukan penyiapan bahan koordinasi penjabaran kebijakan teknis dan kegiatan, pelayanan urusan persuratan, administrasi perencanaan, kepegawaian, keuangan dan barang milik negara, keorganisasian dan ketatalaksanaan, penyusunan keputusan, kerumahtanggaan, kearsipan, hubungan masyarakat, serta publikasi, data dan informasi.
Seksi Pendidikan Madrasah bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan raudlatul athfal, madrasah ibtidaiyah, dan madrasah tsanawiyah.
Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan diniyah, diniyah takmiliyah, kesetaraan, Al-Quran, dan pondok pesantren.
Seksi Pendidikan Agama Islam bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan agama Islam pada pendidikan anak usia dini, sekolah dasar atau sekolah dasar luar biasa, sekolah menengah pertama atau sekolah menengah pertama luar biasa, sekolah menengah atas atau sekolah menengah atas luar biasa, dan sekolah menengah kejuruan.
Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah sebagaimana dimaksud dalam Pasal 550 huruf e bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendaftaran dan pembatalan haji, bimbingan manasik, bina haji reguler, penyelenggara haji khusus dan umrah, transportasi dan dokumen haji reguler, serta administrasi keuangan haji.
Seksi Bimbingan Masyarakat Islam bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Islam dan bina syariah, bina kantor urusan agama dan keluarga sakinah, serta penerangan agama Islam.
Penyelenggara Zakat dan Wakaf bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pemberdayaan zakat dan wakaf.